Su primer nombre fue Santisimo Sacramento, cuyo dueño fue don Manuel Garrocho de Almonte. Manuel instala un pozo para proveer de agua a la azogueria Santisimo Sacramento, esto en el 1800. En 1810 aparece por vez primera en un texto el nombre de Pozo de Almonte, en alusion al pozo de Manuel Garrocho de Almonte. Con el pasar del tiempo el sector se comienza a conocer con este nombre. En 1851 aparece un punto denominado Almonte en el plano de Tarapaca de William Bollaert. Por esos años se cambia al giro salitrero naciendo oficina salitrera Pozo Almonte, nace su hija Maria Pascuala de Almonte, quien pasa a ser dueña de esta salitrera. Maria Pascuala se casa con el señor Jose Miguel de Mendizabal y de esta relacion nacen 9 hijos, por lo cual se pierde el apellido Almonte originario del nacimiento del pueblo.
Desde la época de La Colonia, y especialmente a la llegada del ferrocarril proveniente desde Iquique, Pozo Almonte fue un lugar de servicios salitreros y proveedor de agua (de allí su nombre). Las casas del lugar son muy pintorescas, llenas de corredores y comercio
La comuna de Pozo Almonte fue creada por el DFL Nº 8583 del 30 de diciembre de 1927.
Desde el 8 de octubre del año 2007, es la capital de la Provincia del Tamarugal, creada con la ley N° 20.175, promulgada el 23 de marzo del mismo año, por la presidenta de la República Michelle Bachelet, en la ciudad de Arica.
Desde el 17 de Marzo del 2010, el Sr Espartago Ferrari Pavez, es su actual Gobernador de la Provincia, destacando su impronta, "Tamarugal, el Alma de Tarapaca", destacando el Fomento Productivo y la Integracion con las Comunidades Quechua y Aymara, que enriquece el corazon de la Provincia del Tamarugal.
