Centro de reunión de los fundos vecinos de la zona, San Rafael nació en el siglo XIX y se mantuvo por décadas como un caserío cuya actividad se basaba en la agricultura.
A partir de 1995 sin embargo su actividad crece con su separación de la comuna de Pelarco, estableciéndose por ley la comuna de San Rafael. Dicha escisión produjo un alza en la importancia de San Rafael, que, al estar contigua a la Carretera Panamericana Sur (Ruta CH-5) empezó a ser vista como un creciente poblado y punto de prestación de servicios entre Curicó y Talca, las dos grandes metrópolis regionales. El sostenido crecimiento sanrafaelino se ha visto reflejado en un mejoramiento de la infraestructura, con más servicios públicos y una expansión relativa del comercio. La comuna sobrepasó en población a Pelarco y ha sobrepasado su núcleo original con crecientes poblaciones.