La comuna de Quillón, fue zona de tránsito de grupos indígenas que no contaban dentro de sus prácticas culturales la idea de la propiedad o lugar fijo de residencia. Correspondía a una zona de transición Mapuche-Picunche, que tuvo influencia incásica a mediados del siglo XV
Su nombre deriva de la palabra Mapuche "Keillun", que significa "Ayudantura", ya que en épocas pasadas la zona donde hoy se emplaza el pueblo, era un descanso para lo viajeros que se desplazaban desde y hacia Concepción.
Luego, con la llegada de los españoles, formo parte de la Provincia de Concepción (Departamento de Puchacay) conocida como zona de grandes fundos. A partir del año 1600 aproximadamente, llegan familias españolas desde ciudades arrasadas del sur y solicitan asentamiento en estas tierras. Luego, con el uso frecuente del camino Concepción-Florida-Quillón-Bulnes que conduce finalmente a Chillan, fue también lugar de descanso de los viajeros, quienes debían esperar muchas veces por las inclemencias del tiempo, para cruzar el Río Itata mediante balsas. Ante el aumento poblacional en el sector, se construye la Parroquia Inmaculada Concepción de Quillón, que data del año 1832, en 2010, luego del terremoto del 27 de febrero, se derrumba. En torno a la parroquia se fue formando un caserío y ya en 1846 un documento legal da cuenta de los orígenes de Quillón como aldea. Finalmente el 22 de Diciembre de 1891 se funda legalmente la comuna y recién en el siglo XX se definen sus límites territoriales actuales y su dependencia administrativa de la Provincia de Ñuble.
A inicios de 2012, la comuna fue afectada por un violento incendio que consumió viviendas, terrenos agrícolas y bosques en sectores rurales, y que se expandió hacia localidades de Florida, Quirihue y Ránquil.1
